Yahya Abdul-Mateen II wurde in New Orleans als jüngstes von sechs Kindern des als John Ford geborenen amerikanischen Muslims Yahya Abdul-Mateen I und der Christin Mary geboren.Seine Kindheit verbrachte er in den Magnolia Projects, einer Wohnanlage mit hoher Kriminalitätsrate, bevor die Familie nach Oakland, im US-Bundesstaat Kalifornien, zog. Dort besuchte er die McClymonds High School, bevor er 2004 auf das College wechselte, wo er für das Leichtathletikteam California Golden Bears der University of California, Berkeley als Hürdenläufer aktiv war. Die Universität schloss er mit einem Bachelor in Architektur ab und fand zunächst als Städteplaner in San Francisco eine Anstellung. Da er aber lange den Wunsch hegte Schauspieler zu werden, besuchte er später die Yale School of Drama, die er mit einem Master of Fine Arts abschloss und zunächst als Bühnendarsteller, etwa beim Williamstown Theater Festival in Williamstown erste Erfahrungen im Schauspiel sammelte.
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